Samostalni sektor za Schengensku koordinaciju i projekte Europske unije koordinira poslove koji se odnose na pripremu Schengenske evaluacije i implementaciju Schengenske pravne stečevine. Izvršava zadaće odgovornog tijela za korištenje fondova Europske unije za područje unutarnjih poslova kroz nacionalne programe. Pruža stručnu potporu ustrojstvenim jedinicama Ministarstva unutarnjih poslova za korištenje projekata iz pretpristupnih i pristupnih programa Europske unije te prati i izvješćuje o provedbi tih programa i projekata.